自助建站模式的缺点在于： 

所建网站缺乏个性且功能简单 ,不能自由地移植用户网站,不能灵活地扩展网站功能,不能随意地编辑网页模板,对于选用的网站模板，用户无法对其进行独立、随意地编辑，更不能导入自定义的模板，利用这样的技术制作网站，往往是一个呆板而雷同的网站，难以让人接受。

自主建站依然存在着以下不足：

第一，这种系统建成的网站均为固定的模板，布局相对死板，网站根本不具备任何个性或特色之处，体现不出企业自身优势与企业的特色。

第二，使用这种系统制作网站的公司都是不提供独立的网站空间跟独立的网站管理系统的，这就意味这网站不能搬迁，不能独立管理代码，只能跟成千上百个“同胞兄弟”一样挤在一台服务器上，有很大的安全隐患。

第三，自助建站有个最大的弊端就是不能实现个性化定制，由于源码不对客户公开，客户就不能按照自己的意愿来灵活的增减网站功能，更不能随意的编辑网站模板。

第四，自主建站系统对搜索引擎来讲，由于源代码的过于臃肿、模板风格的千篇一律，代码非 常之不规范，这些对搜索引擎来说都是不友好的问题，自然在搜索引擎中不能获得很好的关键词排名，直接背离了大多数企业制作网站的根本意图，这也不符合一个 提供网站建设服务的互联网公司的服务理念与服务宗旨。

所以，即时自主建站系统有它的部分优势是定制网站无法比拟的，但是作为一个有责任心、切实为客户着想的网站建设公司，绝不会把它作为首选产品来推销，我们更不建议企业选择这种系统来制作网站，因为它可能直接是您企业形象的一个“污点”。